COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 29.517471 29.517471 30.195885
2021-01-09 17:00:00 30.079648 30.079648 30.219715
2021-01-08 17:00:00 30.836470 30.836470 30.306022
2021-01-07 17:00:00 33.730790 33.730790 30.343019
2021-01-06 17:00:00 26.850592 26.850592 30.150677
2021-01-05 17:00:00 28.210302 28.210302 29.889311
2021-01-04 17:00:00 30.493831 30.493831 29.760628

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 27.900797 27.900797 27.067315
2021-01-09 17:00:00 28.109628 28.109628 26.980301
2021-01-08 17:00:00 25.196850 25.196850 27.736180
2021-01-07 17:00:00 30.411687 30.411687 28.311739
2021-01-06 17:00:00 25.172414 25.172414 28.206453
2021-01-05 17:00:00 25.448029 25.448029 28.154341
2021-01-04 17:00:00 28.470588 28.470588 28.069140

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 22.784810 22.784810 21.343271
2021-01-09 17:00:00 18.404118 18.404118 21.578610
2021-01-08 17:00:00 23.467862 23.467862 22.190893
2021-01-07 17:00:00 18.787879 18.787879 22.376273
2021-01-06 17:00:00 24.676851 24.676851 22.459089
2021-01-05 17:00:00 14.322251 14.322251 22.736697
2021-01-04 17:00:00 21.578947 21.578947 22.985082

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 14.872727 14.872727 14.282170
2021-01-09 17:00:00 14.218487 14.218487 14.321354
2021-01-08 17:00:00 15.314927 15.314927 14.468685
2021-01-07 17:00:00 20.663995 20.663995 14.785088
2021-01-06 17:00:00 13.611491 13.611491 14.394267
2021-01-05 17:00:00 7.528711 7.528711 13.956206
2021-01-04 17:00:00 15.272979 15.272979 13.839521

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 12.259074 22.417032 19.289384
2021-01-09 17:00:00 19.484727 19.484727 19.182009
2021-01-08 17:00:00 20.949542 20.949542 19.001846
2021-01-07 17:00:00 16.202064 16.202064 19.618232
2021-01-06 17:00:00 9.308348 21.055877 19.181179
2021-01-05 17:00:00 16.408300 16.408300 19.295767
2021-01-04 17:00:00 18.844601 18.844601 19.367752

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 48.539177 48.539177 43.529969
2021-01-09 17:00:00 40.251855 40.251855 44.533424
2021-01-08 17:00:00 52.953476 52.953476 45.337273
2021-01-07 17:00:00 53.725585 53.725585 44.845457
2021-01-06 17:00:00 26.657645 26.657645 44.116176
2021-01-05 17:00:00 42.869342 42.869342 43.231759
2021-01-04 17:00:00 55.690915 55.690915 42.540202

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 38.814994 38.814994 34.358118
2021-01-09 17:00:00 44.911504 28.008850 34.380636
2021-01-08 17:00:00 43.565038 43.565038 34.426029
2021-01-07 17:00:00 37.444196 37.444196 34.525076
2021-01-06 17:00:00 43.193158 43.193158 35.155588
2021-01-05 17:00:00 40.952381 40.952381 35.110519
2021-01-04 17:00:00 38.865837 18.164189 35.185453

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 34.021824 34.021824 30.233964
2021-01-09 17:00:00 27.127286 27.127286 30.208703
2021-01-08 17:00:00 33.950747 33.950747 29.943423
2021-01-07 17:00:00 29.798995 29.798995 29.744648
2021-01-06 17:00:00 31.651159 31.651159 29.474329
2021-01-05 17:00:00 25.320371 25.320371 28.992998
2021-01-04 17:00:00 32.355081 32.355081 28.515953

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 34.888060 34.888060 32.231570
2021-01-09 17:00:00 37.491091 37.491091 32.478649
2021-01-08 17:00:00 27.932961 27.932961 32.893088
2021-01-07 17:00:00 37.051040 37.051040 33.373109
2021-01-06 17:00:00 28.515625 28.515625 33.967630
2021-01-05 17:00:00 29.618768 29.618768 34.149470
2021-01-04 17:00:00 31.240429 31.240429 34.250710

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 33.367378 33.367378 32.646268
2021-01-09 17:00:00 31.087954 31.087954 32.658894
2021-01-08 17:00:00 30.619248 30.619248 32.808478
2021-01-07 17:00:00 37.210848 37.210848 33.149699
2021-01-06 17:00:00 33.420129 33.420129 32.863640
2021-01-05 17:00:00 29.017567 29.017567 32.601996
2021-01-04 17:00:00 28.491251 28.491251 32.440818

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 18.467742 18.467742 16.642330
2021-01-09 17:00:00 17.097416 17.097416 16.723866
2021-01-08 17:00:00 14.722005 14.722005 17.022195
2021-01-07 17:00:00 15.813528 15.813528 17.245616
2021-01-06 17:00:00 17.021764 17.021764 17.397556
2021-01-05 17:00:00 14.100985 14.100985 17.619623
2021-01-04 17:00:00 15.295131 15.295131 17.870953

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 12.187160 21.132075 10.990285
2021-01-09 17:00:00 6.884058 6.884058 10.853868
2021-01-08 17:00:00 11.343284 11.343284 10.558789
2021-01-07 17:00:00 8.640407 8.640407 10.499293
2021-01-06 17:00:00 6.601467 6.601467 10.109049
2021-01-05 17:00:00 4.093567 4.093567 9.795593
2021-01-04 17:00:00 16.141732 16.141732 9.627771

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 55.508475 55.508475 48.156385
2021-01-09 17:00:00 48.780488 48.780488 47.580990
2021-01-08 17:00:00 39.277108 39.277108 46.774878
2021-01-07 17:00:00 45.739130 45.739130 46.321007
2021-01-06 17:00:00 58.287796 58.287796 45.494352
2021-01-05 17:00:00 64.069264 64.069264 45.090393
2021-01-04 17:00:00 11.708861 11.708861 44.052057

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 63.419118 46.007605 41.190081
2021-01-09 17:00:00 35.148515 35.148515 40.852599
2021-01-08 17:00:00 49.689441 20.779221 41.984572
2021-01-07 17:00:00 44.155844 44.155844 42.463578
2021-01-06 17:00:00 46.666667 46.666667 42.589454
2021-01-05 17:00:00 52.655889 52.655889 42.544274
2021-01-04 17:00:00 58.308157 58.308157 42.235775

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 33.896159 33.896159 36.489049
2021-01-09 17:00:00 41.483888 41.483888 36.725246
2021-01-08 17:00:00 26.970954 26.970954 36.940442
2021-01-07 17:00:00 41.711674 41.711674 37.420169
2021-01-06 17:00:00 34.489917 34.489917 37.392542
2021-01-05 17:00:00 39.777618 39.777618 37.576849
2021-01-04 17:00:00 36.647494 36.647494 37.423734

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 52.938497 52.938497 36.990818
2021-01-09 17:00:00 34.723187 34.723187 35.800286
2021-01-08 17:00:00 27.181140 52.480062 36.721183
2021-01-07 17:00:00 24.820552 24.820552 36.711232
2021-01-06 17:00:00 43.710257 43.710257 36.204331
2021-01-05 17:00:00 23.810573 23.810573 35.325784
2021-01-04 17:00:00 25.300722 25.300722 34.527993

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 13.473590 13.473590 12.650072
2021-01-09 17:00:00 11.418944 11.418944 12.755613
2021-01-08 17:00:00 10.066280 10.066280 12.777085
2021-01-07 17:00:00 19.417476 19.417476 12.742067
2021-01-06 17:00:00 13.426854 13.426854 12.408603
2021-01-05 17:00:00 9.535553 9.535553 12.030688
2021-01-04 17:00:00 11.397296 11.397296 11.914382

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 33.604809 33.604809 29.045250
2021-01-09 17:00:00 28.933291 28.933291 28.750457
2021-01-08 17:00:00 28.998741 28.998741 28.429371
2021-01-07 17:00:00 28.711485 28.711485 28.300040
2021-01-06 17:00:00 28.873720 28.873720 27.780554
2021-01-05 17:00:00 25.055644 25.055644 27.177033
2021-01-04 17:00:00 28.668590 28.668590 26.552201

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 11.459092 11.459092 14.496847
2021-01-09 17:00:00 14.909808 14.909808 14.937400
2021-01-08 17:00:00 16.436364 16.436364 15.195898
2021-01-07 17:00:00 22.218521 22.218521 15.481754
2021-01-06 17:00:00 9.980573 9.980573 15.562244
2021-01-05 17:00:00 13.041796 13.041796 15.510769
2021-01-04 17:00:00 18.912387 18.912387 15.555627

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 33.771353 33.771353 20.001008
2021-01-09 17:00:00 23.505976 23.505976 18.936585
2021-01-08 17:00:00 17.842324 17.842324 18.771829
2021-01-07 17:00:00 43.537415 6.570842 18.918517
2021-01-06 17:00:00 24.282715 24.282715 19.405378
2021-01-05 17:00:00 20.892857 20.892857 19.345531
2021-01-04 17:00:00 25.000000 5.535623 19.575317

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 35.185185 35.185185 24.045821
2021-01-09 17:00:00 19.298246 19.298246 23.811569
2021-01-08 17:00:00 28.089888 28.089888 22.949243
2021-01-07 17:00:00 36.666667 36.666667 22.902251
2021-01-06 17:00:00 14.606742 14.606742 22.313872
2021-01-05 17:00:00 4.827586 18.421053 21.155759
2021-01-04 17:00:00 6.053812 24.215247 21.037569

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-10 17:00:00 56.727749 85.589005 71.503474
2021-01-09 17:00:00 59.753277 59.753277 72.093024
2021-01-08 17:00:00 72.346786 72.346786 72.495190
2021-01-07 17:00:00 69.649429 69.649429 72.891276
2021-01-06 17:00:00 69.653456 69.653456 73.149250
2021-01-05 17:00:00 72.620419 72.620419 73.313158
2021-01-04 17:00:00 80.826526 72.697974 73.832875

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 27.900797 27.900797 27.067315
Basilicata 22.784810 22.784810 21.343271
Calabria 14.872727 14.872727 14.282170
Campania 12.259074 22.417032 19.289384
Emilia-Romagna 48.539177 48.539177 43.529969
Friuli Venezia Giulia 38.814994 38.814994 34.358118
Lazio 34.021824 34.021824 30.233964
Liguria 34.888060 34.888060 32.231570
Lombardia 33.367378 33.367378 32.646268
Marche 18.467742 18.467742 16.642330
Molise 12.187160 21.132075 10.990285
P.A. Bolzano 55.508475 55.508475 48.156385
P.A. Trento 63.419118 46.007605 41.190081
Piemonte 33.896159 33.896159 36.489049
Puglia 52.938497 52.938497 36.990818
Sardegna 13.473590 13.473590 12.650072
Sicilia 33.604809 33.604809 29.045250
Toscana 11.459092 11.459092 14.496847
Umbria 33.771353 33.771353 20.001008
Valle d'Aosta 35.185185 35.185185 24.045821
Veneto 56.727749 85.589005 71.503474

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Sun Jan 10 17:12:09 2021 revision 153, 0a7f734